La Junta de Gobierno es la máxima autoridad del Instituto, de conformidad al Acuerdo de Creación del Instituto Ciudadano de Planeación Municipal para el Desarrollo Sustentable de Tuxtla Gutiérrez (ICIPLAM) y está integrada por los siguientes miembros:
- El Presidente Municipal de Tuxtla Gutiérrez, quien es el Presidente de la Junta de Gobierno.
- El Secretario de Planeación Municipal, quien es el Secretario Técnico de la Junta.
- Cuatro vocales titulares de la APM: el Secretario de Desarrollo Económico, el Secretario de Obras Públicas, la Secretaria de Medio Ambiente y Movilidad Urbana, y la Secretaria de Desarrollo Urbano Municipal.
- Ocho vocales miembros del Consejo Consultivo Ciudadano de Tuxtla Gutiérrez, electos por el mismo órgano.
- Regidoras y Regidores que presidan las comisiones referentes a la planeación del desarrollo, obras públicas y desarrollo urbano, medio ambiente, participación ciudadana, transporte y seguimiento de acciones generadas por la administración municipal.
Órgano de Vigilancia
La Junta de Gobierno cuenta con un Órgano de Vigilancia, conformado por el Contralor Municipal de la Administración Pública Municipal de Tuxtla Gutiérrez, Chiapas.
Asiste a las reuniones de la Junta de Gobierno con voz pero sin voto; vigila que la administración de los recursos se aplique de acuerdo a la normatividad de los presupuestos autorizados al ICIPLAM; practica auditorías a los estados financieros y las de carácter técnico o administrativo del ICIPLAM; revisa los estados financieros mensuales y anuales, así como los dictámenes que formule el auditor externo de llegarse a contratar; rinde anualmente en sesión ordinaria de la Junta de Gobierno un informe respecto al resultado de los dictámenes emitidos por el auditor externo, acordándose lo procedente, entre otras atribuciones.